Dans les années 1950, Canadair avait acquit la licence du Bristol Britannia, dont il avait commencé par en dériver le CP-107 Argus. Puis la force aérienne canadienne chercha un remplaçant pour son C-54GM North Star capable de ravitailler ses troupes en Europe et Canadair commença l'étude d'un nouveau modèle.

Canadair reçut un contrat en janvier 1957 portant sur la construction de 8 appareils, nombre porté plus tard à 12. La RCAF lui donna la désignation CC-106 Yukon (du nom de l'un des territoires canadiens) et la compagnie CL-44-6. Il fut surnommé officieusement Forty-Four.

Une des spécifications de la RCAF était que les moteurs soient des Bristol Orion. Mais ce programme fut annulé et la RCAF lui substitua des Rolls-Royce Tyne 11. Par rapport au Britannia 300, le CL-44 voyait son fuselage allongé de 3,75 m et disposait de deux portes cargo, ainsi que d'une cabine pressurisée. Il reprenait les ailes du CL-28, avec des modifications. Il pouvait emporter 134 passagers ou 80 blessés.

La sortie d'usine du prototype faillit tourner au désastre, car l'appareil était trop haut et la dérive ne pouvait franchir la porte de l'usine. Malgré tout, il put effectuer son vol inaugural le 15 novembre 1959 à Cartierville Airport. Les essais en vol montrèrent de nombreux problèmes, en particulier liés aux moteurs, à tel point qu'il fut surnommé "le planeur Yukon".

Malgré tout, les problèmes furent résolus et l'appareil livré aux forces canadiennes le 19 juillet 1960. Ils furent même si bien résolus que le Yukon battit 2 records : le premier en décembre 1961 en franchissant la distance Tokyo-Ontario (soit 10860 km) en 17 heures, et le second, un peu plus tard, en tenant en l'air pendant 23 h et 51 mn. Il faudra attendre 1975 et le Boeing 747SP pour que ces records soient battus.

L'armée canadienne prit donc livraison de 12 appareils jusqu'en 1961 : 10 furent utilisés par le 437 Transport Squadron et 2 autres, comme transport de VIP, par le 412 Squadron. Ils jouèrent un grand rôle dans les missions confiées aux forces canadiennes par les Nations Unies, en transportant troupes et fret au Ghana, en Tanzanie, au Pakistan, en Inde, à Chypre ou au Vietnam. Ils pouvaient également transporter 2 F-104. Ils restèrent en service jusqu'en mars 1971 et furent remplacés par le Boeing 707. A la fin de leur service, ils avait parcouru 65 milliards de miles, transporté 1,5 milliards de passagers et 360 millions de tonnes de fret. Malgré tout, le faible nombre de CL-44 construits rendait difficile l'approvisionnement en pièces détachées, ce qui explique la brièveté du service. Les normes de sécurité européennes ou nord-américaines n'étant pas respectés, les CC-106 furent revendus à des compagnies sud-américaines ou africaines.

L'USAF envisagea brièvement d'acquérir 232 CL-44 dans les années 1960, mais l'implication américaine dans l'arrêt du programme CF-105 et les pressions des compagnies américaines y mirent un terme.

Outre le CC-106, le CL-44 fut décliné en versions civiles, notamment cargo : la principale fut le CL-44D4 lui-même décliné en plusieurs variantes selon leur opérateur. Le CL-44D4-2 fut par exemple employé par la Flying Tiger Line. Le CL-44D4 avait comme caractéristique de voir sa queue pivoter pour permettre le chargement de fret, grâce à des machines hydrauliques. La queue pivotait en 90 seconde et permettait le chargement de 30 tonnes en 90 minutes.

Le CL-44J était une version allongée de plus de 4 mètres pour la compagnie islandaise Loftleiðir. Le CL-44-O était un CL-44-D4 modifié par Conroy pour transporter les moteurs Rolls-Royce RB211 destinés au L-1011 TriStar.

39 CL-44, prototypes compris, furent construits. 27 exemplaires civils furent vendus à 4 compagnies, Seaboard World Airlines, The Flying Tiger Line, Slick Airways et Loftleiðir. A la suite de quoi ils furent revendus d'occasion à d'autres opérateurs. L'un de ces opérateurs était la compagnie argentine Transporte Aéreo Rioplatense. En 1981, l'un de ses CL-44 fut intercepté et percuté volontairement par un intercepteur soviétique basé à Bakou, ce qui causa la mort de 3 Argentins et d'un Britannique. Cet appareil livrait des armes israéliennes à l'Iran.

En 2001, 7 exemplaires existaient encore, avec un seul en état de vol. La plupart sont stockés, souvent en triste état.