C'est à la fin des années 1960 que la Marine Nationale réfléchit à un appareil polyvalent, capable de remplacer l'Etendard IV, le Crusader et l'Alizé. Au départ, le Jaguar M, les A-4 et A-7 américains sont évalués. Mais la proposition de Dassault consistant en une version revue et corrigée de l'Etendard IVM plaît au gouvernement français et le 4 septembre 1973, une commande forfaitaire, et c'est une première, de 100 appareils est passée. En 1974, elle sera abaissée à 71 exemplaires, et les Crusader et Etendard IVP seront prolongés.

Trois Etendard IVM sont modifiés en prototypes du Super-Etendard. Le premier de ces prototypes, l'Etendard n°68 devenu Super-Etendard 01, vole à Istres, le 28 octobre 1974, aux mains de Jacques Jesberger. Il dépasse Mach 1 dès cette première sortie. Il sert à valider l'aérodynamique du nez qui doit loger un nouveau radar Agave, des entrées d'air et de la tuyère qui sont redessinés en fonction du réacteur Atar 8k50. Ce réacteur est une version simplifiée du 9K50 qui équipe le Mirage F1, sans PC. Le Super-Etendard 02 (Etendard n°48) vole dès le 28 mars 1975. Il sert à valider le système d'arme complet. Le 3e prototype reste un simple Etendard IV avec la nouvelle voilure, aux dispositifs hypersustentateurs améliorés. Après des essais concluants, à l'issue desquels sa voilure est donnée au Super-Etendard 01, il sera rendu à la marine. Dans le même temps, une arme qui sera associée de très près au Super-Etendard est développée : il s'agit de l'Exocet.

Le premier exemplaire de série effectue son vol inaugural le 24 novembre 1977, à Mérignac, aux mains de Jacques Jesberger. Premier avion de combat français à être équipé d'un système inertiel de navigation et d'attaque (en l'occurrence une plate-forme SAGEM-Kearfott SKN-2602), il équipe la 11F à Landivisiau dès septembre 1978, puis la 14F, la 17F et bien plus tard, la 59S. Les essais sur porte-avions commencent des novembre 1978, nécessitant des modifications du Foch et du Clémenceau, et la flottille sera déclarée opérationnelle en 1979. Outre l'Exocet, le Super-Etendard sera également le vecteur de l'arme atomique, d'abord la bombe AN-52, puis le missile ASMP à partir de 1988.

Les Super-Etendard français participèrent à des missions de combat au dessus du Liban en 1983, en Bosnie-Herzégovine de 1993 à 1996, au Kosovo en 1999 et en Afghanistan depuis 2001. Cela les amènera à renforcer leurs moyens d'auto-protection, en le dotant de la capacité d'emport du brouilleur Barracuda, du lanceur de paillettes Phimat et d'un lance-leurres infrarouges.

A partir de 1986, le programme SEM (Super-Etendard Modernisé) est lancé afin de garder le Super-Etendard à niveau. Il s'agit de moderniser l'avionique, en commençant par un nouveau radar Anémone, dont la portée de détection est 2 fois supérieure tout en étant plus discrète. Les calculateurs sont également modernisés pour tirer le meilleur parti des AM-39. Les SEM furent livrés de 1993 à 1998, et déclarés opérationnels depuis novembre 1995. Depuis le début du programme, il y eut 5 standards, dont le dernier est apparu en 2006. Le Standard 2 correspond à la modernisation initiale. Le standard 3 visait à permettre l'attaque d'objectifs durçis, via l'intégration d'une nacelle ATLIS et du missile AS-30. Il est introduit en 1995. Le standard 4 permet le remplacement des Etendard IVP en 2000, grâce à l'intégration d'un châssis de reconnaissance embarquant 2 caméras. Le Standard 5, par l'intégration du GPS et de la nacelle Damoclès, permet des attaques de précision de nuit. Il fut livré en 2006 et participa à la mission Agapanthe 2007.

L'Argentine commanda 14 Super-Etendard dès 1979, pour sa capacité à opérer à partir du porte-avions Vincente de Mayo. Lorsqu'éclata le conflit des Malouines, seuls 5 Super-Etendard et 5 Exocet avaient été livrés. Les Anglais, en rejoignant les Malouines, profitèrent de leur passage au large de la Bretagne pour faire des exercices communs avec la Royale. Ils apprirent alors que le Super-Etendard était un avion de pénétration efficace, particulièrement indétectable à basse altitude. La perte du destroyer HMS Sheffield et de l'Atlantic Conveyor leur montrèrent à quel point le duo Super-Etendard/Exocet était mortel.
Les 9 autres furent livrés après le conflit. Ils sont aujourd'hui encore utilisés, et s'ils ne furent jamais mis au standard SEM, pourraient être complétés par d'anciens Super-Etendard français.

L'Irak a loué 5 Super-Etendard de 1983 à 1985, afin d'utiliser les missiles Exocet dont elle disposait en attendant les Mirage F1. C'étaient les Super-Etendard n°79 à 83. Le 81 fut perdu par accident le 22 septembre 1984 et les 4 autres furent rendus à la France. Le N°80 fut perdu par accident en 2008, le 79 est en service au sein de la 17F et au standard 5, le 82 au CEV et au standard 5, le 83 à la 11F.

Le Super-Etendard a été construit à 85 exemplaires de 1977 à 1983, dont 14 ont été perdus. Parmi eux, les n° 54, 5, 35, 45, 3, 43, 38 et 49. La 11F commenca à remplacer ses Super-Etendard par des Rafales en septembre 2011. La dernière unité à l'utiliser est la 17F. Début 2014, la flotte dépassa les 300 000 heures de vols. L'avion sera normalement retiré du service en France en 2017.